蒙可汗是蒙古国第四任大汗。第二任、第三任大汗，都是窝的。窝阔台、贵由即位前召开的忽里台贵族会议曾有这样的只要有窝阔台系子孙遗留，汗位就要在窝阔台支系内传承下去。但汗突然死去，情况就有了变数。因为蒙古的汗位继承，包括后来元皇位继承，不像汉地王朝立太子传嫡长那样有规可循，而是存在很大不确定性，容易引起纷争。大汗的生前意向或指定固然重要，但不是的因素。汗廷内外的政治军事实力及忽里台贵族会议拥前，同样影响很大。
谁的势力大，谁在汗廷、在宗王贵族中间得到的支持多谁就容易受拥戴而登上汗位。窝阔台是按照父亲成吉思汗的遗言继承汗位的，虽经历了一段拖雷监国，但相对来说还算顺利。第三任大汗就不让了。窝阔台汗传位皇孙失烈门的遗愿没能兑现，临朝称制的乃马真皇后势力很大，做了一些手脚，结果让她的亲生儿子贵由当上了大汗。贵由死后，第四任大汗的归属又成了问题。这时候，拖雷系终于登上舞拖雷的军事才能卓越，军事实力雄厚。在所有的蒙古宗王中，拖雷率军攻掠的城邑和疆土颇多。
前述灭金的三峰山战役，就是拖雷直接指挥的。拖雷还掌握着父汗直属的60多个千户。迄贵由汗去世，这批军队的大部分仍然属于拖雷家族管辖。不过，拖雷已去世。关于拖雷的死因，有人说是被窝阔台毒死的，有的史籍说是替窝阔台服巫水而身拖雷的妻子唆鲁禾帖尼十分机智干练。窝阔台汗和贵由汗在位期间，她一直率先遵守帝国札撒，维护和尊重大汗的最高权威。贵由突然逝世，唆鲁禾帖尼意识到自己的儿子们问鼎汗位的最佳时机已经到来。当时拖雷系主要的优势，就是掌管着成吉思汗的60多个千户，这是最基本的实力所在。再者，又获得成吉思汗长子嗣君拔都大王的强有力支持。
前面提及，贵由与拔都反目，在贵由秘密征伐拔都的关键时刻，拖雷妻唆鲁禾帖尼暗中派使者向拔都通报消息。贵由死后，唆鲁禾帖尼又派长子蒙哥，以探病为由到术赤兀鲁思。拔都念及与拖雷系的良好关系，又目睹蒙哥的风采与智慧，当即表示拥戴蒙哥问鼎大汗之位于是，拔都以成吉思汗长子嗣君的身份，不断派出使节邀请各支系的宗王、贵族来钦察草原参加推举新大汗的忽里台会议。窝阔系和察合台系宗王对此曾提出异议:忽里台大会不应在拔都兀鲁思举行，必须在成吉思汗大斡耳朵所在的斡难河和怯绿连河一带举行。同时坚持汗位应在窝阔台汗子孙中传承。蒙哥的藩邸家臣忙哥撒儿反驳说，你们这样说没有道理，当初乃马真皇后不也是违背窝阔台汗让皇孙失烈门继位的遗命，改立贵由为大汗了吗?这次忽里台会议还议定:来年在怯绿连河的蒙古本土召开全体宗王参加的忽里台会议，会议结束后，拔都特意派他的弟弟别儿哥带领一支大军护送蒙哥返正式拥戴蒙哥即汗位。
回蒙古本土。年，在怯绿连河上游的曲雕阿兰成吉思汗大斡耳朵之地举行的忽里台贵族会议上，蒙哥正式被拥戴为第四任大汗。蒙哥汗在位期间，主要政绩有四:其一，追究抗拒曲雕同忽里台族会和阴谋反叛忽里台会议前后，暗中图叛乱和袭击蒙哥的一些台、察合台后王受到速捕审讯。他处死了贵由正妻海迷失、窝阔台孙失烈门、察合台第五子也速蒙哥等，参与阴谋的臣僚也都被杀掉了。这次大臣被杀。大蒙古国内部总共有多个宗王出现严重的裂痕和内讧，成吉思汗子孙内部的相互对抗杀戮由此拉开了序幕。其二，严厉驭下，强化汗权。蒙哥和窝阔台、贵由的性格截然不同。他御群臣甚严，迅速恢复成吉思汗的机秩序。蒙哥独专断的个性非常突出，凡有诏旨，必亲起草，更易数四，然后行之。蒙哥本人不乐燕饮，不好侈靡，还严格限制后妃们的衣食消费，不许肆意挥霍。①又下令偿还了贵由汗时期宫廷购买珍宝欠下的巨款，对窝阔台以来蒙古汗廷的滥赐也有所节制和约束。
其三，削弱窝阔台后王等敌对势力。除了诛杀失烈门等，蒙哥还把窝阔台系的后王西迁到阿尔泰山原有分地一带。窝阔台第六子合丹迁至史别八里(今新疆吉木萨尔县北)，第七子蔑里迁至叶儿的石河(今额讲尔齐斯河)。第五子合失早逝，他的儿子海都迁至海押里(今哈萨克斯坦的塔尔迪·库尔干)。还有窝阔台第四子哈剌察儿的儿子脱脱，迁至叶密立(今新疆额敏县)。西迁窝阔台后王瓜分原兀鲁思，各辖其地，概远离了蒙古统治的中心。还有像也速、孛立、和纳忽、也孙脱等，相继遭受贬谪禁锢。又把窝阔台后妃的家资分赐给了拖雷系等亲王。唯有阔端因与拖雷系亲善，其军队和凉州等领地得以保留。
其四，完善被征服地区的统治机构，继续推行对波斯和南中国的征伐。成吉思汗和窝阔台时期，除了中央有断事官之外，在燕京、别失八里和阿姆河还先后设有三个行断事官，蒙哥汗对上述三行断事官加以固定和完善，基本定型为汉人称为行尚书台或者行尚书省的机构。在军事征服方面，蒙哥汗命令他的两个兄弟分别负责对南部中国和波斯的征伐:二弟忽必烈主要负责对南宋的军事征略，三弟旭烈兀西征波斯。两个兄弟的征伐使命，直接促成了元朝和伊利汗国的建立，这当然是后话前面提及，蒙哥是独裁专断个性很鲜明的人。蒙哥喜欢占卜，自称遵祖宗之法，不蹈袭他国所为①，固守成吉思汗制订的札撒和草原旧俗，对汉法等新的统治方式存在较多的隔膜。这也是日后蒙哥和忽必烈在政见方面出现分歧的缘由。